Dahulu kala, ada seorang Tumenggung dari keraton Majapahit yang menikah dengan seorang putri raja dan setelah menikah dijuluki Minta Raga. Pada suatu hari, seorang Tumenggung tersebut melakukan perjalanan ke daerah Cilacap. Setelah berjalan cukup lama, seseorang tersebut kelelahan dan akhirnya berhenti lalu duduk di bawah pohon Daran yang seperti payung. Saat itu pula langsung diberi nama desa Widarapayung.

Tumenggung mintaraga mempunyai anak bernama Nadiwangsa atau yang dikenal dengan Eyang Manten. Mintaraga tutupusia dan dikubur di tanah Buddha Widarapayung Wetan, sedangkan anaknya yang bernama Nadiwangsa atau yang dikenal sebagai Eyang Manten dikubur di Widarapayung Kulon.

Desa Widarapayung Kulon bergabung pada Kabupaten Cilacap pada tahun 1893 dan dibagi menjadi 2 desa, yaitu Widarapayung Wetan dan Widarapayung Kulon. Pada Tahun 1994, Desa Widarapayung Kulon ada pemekaran dibagi menjadi 2 desa yaitu Widarapayung Kulon dan Desa Sidayu. Desa Widarapayung Kulon terdiri dari 2 dusun yaitu dusun Panggung Sari dan Siwuluh, yang terdiri dari 19 RT dan 6 RW, dengan luas 294,198 Ha.

Fakta-fakta mengenai sejarah Desa Widarapayung Kulon masih terus diteliti dan diperbaiki dari waktu ke waktu sesuai dengan bukti-bukti dan sumber-sumber yang baru.